Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Oberburg erfolgte 1240 unter dem Namen Obrunburc. Der Ortsname bedeutet bei der oberen Burg (im Gegensatz zur Unteren Burg in Burgdorf). Diese hochmittelalterliche "obere Burg" stand auf der Rothöhe.

Die Pfarrei Oberburg gehört zu den ältesten Gemeinden, war dementsprechend sehr weitläufig und umfasste neben der Gemeinde Oberburg auch Burgdorf, Heimiswil und Hasle. Bereits im 12. Jahrhundert gewann Burgdorf mehr und mehr an Bedeutung, so dass 1401 die Kirche Burgdorf selbständige Pfarrkirche wurde. 1421 gelang Oberburg in den Besitz des Klosters Trub und verlor damit auch die Rechtspersönlichkeit. Mit der Reformation übernahm Bern die Patronatsrechte von Oberburg. Damit wurde die eigenständige Kirchgemeinde Oberburg gegründet.

 Seit 1939 ist die reformierte Kirchgemeinde Oberburg alleiniger Besitzer der Liegenschaften Kirche, Pfarrhaus und Pfrundschüür (ehemaliges Ofenhaus). 1982 wurde das ehemalige Bauernhaus Kirchgasse 12 zum heutigen Kirchgemeindehaus umgebaut.